Родена е 1948 година во Битола. Основно и гимназиско образование оформила во Риека, Хрватска. Студии по техничка математика завршила во 1972 година на Факултетот за природни науки и технологија во Љубљана, Словенија. Степен магистер по операциони истражувања стекнала во 1975 година на Универзитетот во Љубљана, со одбрана на трудот “Racunalniska obdelava zveznega dinamicnega linearnega programiranja”. Исто така на Универзитетот во Љубљана го добила звањето доктор на информатички и управувачки науки, со одбрана во 1992 година на дисертацијата “Enoparametrsko zvezno linearno programiranje, teoreticni in algoritemski pristop”. Во академската 1987/88 година престојувала на специјализација за развивање интелигентни математички програмски системи на Mathematical Department, University of Colorado во Денвер, САД, а во 1997 година, во рамките на DAAD програмата, престојувала 2 месеца како визитинг професор, на Fern University, Хаген, Германија работејќи во областа на параметарското программирање. Во периодот од 2000 година до денес престојувала по 1 до 4 недели на повеќе Универзитети во Европа во рамките на проектите со кои раководела: Open University, Лондон и Loughborough University во ВБ, Royal School of information sciences and library, Копенхаген, Technical University of Athens, Атина, Aristotle University и Macedonia University, Солун, International Atomic Energy Agency, Виена, University Merseburg, Германија, Бугарската академина на науките, Софија, Универзитетот во Нови Сад, Србија, и други. Почнала да работи, уште како студент, во 1971 година, како програмер-асистент во Сметачкиот центар на Институтот за математика, физика и механика на Универзитетот во Љубљана, а во 1972 година како самостоен програмер на Економскиот факултет во Љубљана. Во 1973 година се преселила во Скопје, каде што била избрана за стручен соработник на Математичкиот институт со нумерички центар при Универзитетот. Потоа била унапредена за предавач и за виш предавач, а по докторирањето за вонреден професор по операциони истражувања и информатика при Институтот за информатика на ПМФ. За редовен професор е избрана во 1998 година. Д-р М. Кон-Поповска има мошне богата наставна дејност. На студиите по информатика држи настава по предметите: операциони истражувања, бази на податоци, бази на податоци II, компјутерска графика, информациони системи, моделирање и симулација со визуелизација, а порано изведувала настава и по програмски јазици и структури на податоци. Курсеви по информатика држела или држи за студентите по физика, биологија и географија на ПМФ, за студентите по социологија, одбрана, социјална работа и социјална политика и историја на Филозофскиот факултет и компјутерско проектирање на Архитектонскиот факултет. Настава по операциони истражувања и бази на податоци изведува на Институтот за математика, а настава по операциони истражувања изведувала и на Економскиот факултет во Скопје и во Штип. На Шумарскиот факултет држела курс по математика. Освен на матичниот институт, држела предавања и на постдипломските студии на Медицинскиот, Машинскиот факултет, на Интердисциплинарните студии по молекуларна биологија при МАНУ, како и на студиите по хемија. Од 2003 година изведува настава по бази на податоции и информациони системи и на Универзитетот на Југоисточна Европа во Тетово. Има објавено 64 научни труда. Раководител или кораководител за Македонија е на 18 меѓународни проекти финансирани од TEMPUS, PHARE, FP5, FP6, NATO Science for Peace и UNESCO (од нив 3 тековни) и на 10 домашни проекти финансирани од МОН, Институтот Отворено опшество и Универзитетот. Учесник е во уште 6 TEMPUS и 3 проекти финансирани од МОН. Има напишано 11 учебни помагала, а авторизирани тековни предавања се наоѓаат на web-страницата за е-учење на Институтот. Изработила и поголем број стручни проекти и апликации, а најзначајно е проектирањето на информациони системи (библиотечен информационен систем на Р. Македонија, информационен систем за научно-технолошки информации на Р. Македонија, информационен систем на Факултетот). Главна научна преокупација на Кон-Поповска претставува параметарското линеарно програмирање за одредени типови проблеми, како од теориска гледна точка така и од алгоритамска страна. Истражува и во областа на бази и складови на податоци, информациони системи, информациони технологии во образованието, е-учење и учење на далечина. Ментор е на 2 докторски дисертации и на 4 магистерски труда. Членува и активно учествува во работата на повеќе меѓународни и домашни стручни асоцијации, нивните одбори и комисии. Национален претставник е во Генералното собрание на ТЕРЕНА и потпретседател на Управниот одбор на МАРНЕТ. Член е на програмските одбори на балканските конференции по информатика (организатор и претседател на Програмскиот одбор на 2. Балканска конференција за информатика БКИ’ 2005, Охрид) и на балканските конференции по операциони истражувања, како и на Советодавниот одбор на списанието Информациски технологии и контрола на Бугарска асоцијација на автоматичари и информатичари. Посебно значајно е долгогодишното залагање на М. Кон-Поповска за изградба на македонска академска истражувачка мрежа и вклучувањето на Р. Македонија во европските и во светските информациони мрежи, што во 2004-2005 резултира со изградба на универзитетска гигабитска оптичка и безжична компјутерска мрежа и нејзино вклучување во академските мрежи на Југоисточна Европа и GEANT, како и во европските грид-мрежи SEEGRID и EGEE. Во периодот 1993-1995 година била шеф на Институтот, во 1995-1997 година раководител на КЦ при ИИ, од 2003 до 2005 година раководител на КЦ при ПМФ, а од 2005 година повторно е шеф на Институтот. Основач е на специјализираните лаборатории за: мултимедија, визуализација и компјутерска графика; виртуелни дигитални библиотеки; учење на далечина; перманентно образование на библиотекари; грид-кластер и други.